Con la muerte del Arzobispo Sacristán ocurrida en Santa le, el primero de febrero de 1817, el Cabildo Metropolitano Eclesiástico de Santa Fe de Bogotá, nombra al Presbítero Guerra de Mier, Provisor y Gobernador del Arzobispado el día 9 de febrero de 1817, cargo que desempeñó hasta el 9 de septiembre de 1819, cuando lo destituyó el Libertador Simón Bolívar a causa de haberse negado a pronunciar una Oración religiosa favor de la Independencia.
"El Gobernador político don José Tiburcio Echeverri, había informado al Libertador que el Canónigo español Francisco Guerra de Mier, entonces Provisor del Arzobispado, no había concurrido a la Asamblea que se reunió el día 9 de septiembre (1819), con el objeto de honrar a los libertadores. En esos días presentó a Bolívar el fraile agustino Manuel Garay (masón en 1821), hombre de talento y distinguido en la literatura un proyecto de pastoral, o más bien de proclama patriótica, que tendría gran fuerza si estuviera suscrita por el Gobernador del Arzobispado. El Canónigo Guerra, que también era hombre de saber, negó la firma en términos fuertes, lo que dio lugar a que el Libertador le dirigiera el mismo 9 de septiembre (1819) la siguiente orden: "He extrañado altamente el que usted no haya expedido la pastoral que por oficios previne circulase, sin que haya usted tenido la atención de contestarme. La santa causa de la Libertad no necesita de los pasos que debería dar usted; ella tiene infinitos que desempeñando mejor sus deberes cumplan con lo que es de su cargo. Tendrá usted entendido que desde el día cesan las funciones de Provisor que ejercía".
BOLÍVAR.
* Del Carnicelli. La Masonería en la Independencia de América. Tomo I, página 342
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